小金一行人在旅途中来到某座城市的神奇宝贝中心，在这里小智收到了大木博士的讯息。于是就和大木博士联系，大木博士发现这次小金和小智同行。正好不用额外联系小金，大木博士帮小智和小金升级了神奇宝贝图鉴。
吃饭的时候，小智一行人谈论起了在大傻谷得到的神奇宝贝的蛋，小金和小翠对此也表示非常感兴趣，就让小智把蛋拿出来看看，说自己有可能知道是什么神奇宝贝的蛋。
小金虽然早已知道这个是波克比的精灵蛋，但是还是仔仔细细地观察一下，通过蛋表面的颜色还有花纹，就把自己推测告诉了小智他们。
一旁火箭队偷听到这个消息，然后趁机抢走了这枚蛋。在小金一行人在找到火箭队之前，喵喵正在照顾着蛋。在双方争夺蛋的时候，蛋孵化了，原来这真的是波可比的蛋。大家对小金博学十分佩服。
波克比的体型比较小，像一只蛋，身体颜色以亮黄色为主。波克比的眼睛是黑色的，头顶上长有五个刺状物，看起来有些像王冠。在睡觉时这些刺会合在一起，这时波克比看上去更加像一只蛋。
波克比身体的大部分被蛋壳包裹着，它不会离开它的蛋壳。蛋壳上有一些红色和蓝色的三角环状花纹，因此很多人认为认为它的身体上也有类似的花纹。波克比有短而粗的手和圆圆的脚，脚上有两个趾。它们的脚底有半圆形的褐色护垫。
之后为了争夺波可比，小智、小霞、小刚和喵喵进行了2Vs2的淘汰比赛。因为小金和小翠没有接触过波克比的蛋，所以也没有资格参与波克比的争夺，就做了这次比赛的裁判。
喵喵原本不是小刚的大岩蛇的对手，但是喵喵利用场边的两桶水配合疯狂乱抓击败了大岩蛇强势晋升到决赛。
小智的妙蛙种子利用各种奇葩攻击打败了自己跑出来的可达鸭，顺利进入决赛。
喵喵最后还是不敌皮卡丘的十万伏特，被轻易打败。
虽然小智最后赢得了比赛，但是波克比会把出生时第一眼看到的人当做父母，因此小霞获得波克比。
小翠看到波克比可爱的样子，也很羡慕，但是有了之前收服的胖丁，心里也平衡了不少。
就这样，波克比就归属小霞所有，小金一行人再次踏上了前往红莲道馆的旅途。
在旅程中，战斗必不可少。小智用妙蛙种子打赢了一个登山男的铁甲犀牛后，妙蛙种子似乎陷入了奇怪的状态。大家急忙赶路把妙蛙种子送到最近的神奇宝贝中心检查后，小智从乔伊处得知这是妙蛙种子进化前的征兆。而且马上在不思议花园就会有一个妙蛙种子的进化盛典。
到了晚上，小智的妙蛙种子被不自觉吸引离开神奇宝贝，皮卡丘发现后跟了上去，但是妙蛙种子被自己的同族抓走，于是皮卡丘回来叫醒小智和大家。于是大家跟着花粉的前进方向，突破层层藤条的阻拦，来到了一处山坡上，看到下面聚集了大量的妙蛙种子，才知道这就是传说中的妙娃种子的不思议花园。
很快，巨大的妙蛙花出现了，通过一种神奇的仪式，除了小智的妙蛙种子其他所有的妙蛙种子都依次进化为了妙蛙草。但是小智的妙蛙种子不愿意进化，被妙蛙花呵斥。
但是当其他的妙蛙草被火箭队抓捕后，妙蛙种子使用阳光烈焰拯救了其他的同伴后，妙蛙花认可了小智的妙蛙种子。
原先这只妙蛙种子就是在小翠待的地方，保护着其他的神奇宝贝。那次小智一行人在森林中迷了路，它们突然发现一只落单的走路草。
小智想要收服它，但被小霞抢先，小霞使用宝石海星顺利击倒走路草，正要收服它时，一只妙蛙种子冲出来救走了走路草。小智看到自己梦寐以求想要得到的妙蛙种子十分兴奋，派巴大蝶与它对战，但却不是妙蛙种子的对手。
因为过河时吊桥突然崩塌，小刚掉进了湍急的河流，和另外两人走散。在寻找小刚时，小智和小霞又因为踩中了一个机关而被吊在了树上。幸运的是，小刚救下他们并带他们来到一个地方，向他们介绍了照顾受伤神奇宝贝的小翠。
原来此处是专供在战斗中受伤的神奇宝贝疗养的地方，而刚才遇见的妙蛙种子便是这里的守卫。小霞为刚才的战斗向走路草道歉，妙蛙种子仍排斥这些训练家，并攻击了他们。与此同时，发现疗养屋的火箭队准备抢走这里的神奇宝贝。
小智与妙蛙种子联手把火箭队赶跑，妙蛙种子非常开心，也改变了之前对小智一行人的成见。临别时，小翠请求小智把妙蛙种子也带走，让它好好看看外面的世界。妙蛙种子提出必须先决一胜负，要打赢才能带它走。于是小智派出皮卡丘打败了妙蛙种子，顺利将其收服。
小金表示是不是为了保持主角身边神奇宝贝的可爱程度，才不让小智的妙蛙种子进化。
妙蛙种子的皮肤呈蓝绿色，并附有深绿色的斑纹。它有四条腿，每条腿有三个白色的尖爪子。它有着鲜红色的眼睛，在头顶上长着类似耳朵一样的一对凸起，并且有着一张大嘴，上颚的两颗牙齿清晰可见。这只神奇宝贝最显著的特点就是它背后那个洋葱状的鳞茎。这个鳞茎与神奇宝贝有着共生关系，从它出生起，鳞茎就在它的背上开始生长了。鳞茎通过白天的光合作用为妙蛙种子提供能量，同时鳞茎含有的许多能吸取养分的种子使得鳞茎能在夜间保持强劲长势。
虽然妙蛙种子通常用四条腿行走，但是妙蛙种子可以抬高它的后腿。当它进化成妙蛙草后，它的鳞茎会变成一个较大的蓓蕾，使它几乎无法抬起它的后腿。
不过欣赏了不思议花园的美丽和神秘，小金一行人也是不虚此行。