在城市里休整中的小智一行人被出现的皮皮吸引了而去追赶皮皮，回来发现东西全被偷了。警察局门口也聚集了大量物品被偷的受害者。为了找出真相，小智和外星人研究员平田开始搜寻“外星人”。
平田是一位自称为了追寻外星人而四处旅行的外星人研究家。小智一行人正在城市中修整，城市中发生大量的盗窃案。平田坚持这些事件都是外星人所为。在得知前几天附近发现过不明飞行物后，平田拉着小智一行人一起寻找外星人的踪迹。跟随着带走了皮卡丘的皮皮，小智一行人和平田发现了地下的飞碟。平田惊讶地发现皮皮竟然制造飞碟准备发射。在一阵骚动后，飞碟发射了，小智和小霞设法逃离了飞碟，平田则随着皮皮的飞碟在不远处的地方再次坠落。
小智为了夺取最后一个徽章再次来到常磐市。在道馆门口他遇见了小茂。小茂已经得到十个徽章并且要向常磐道馆发起挑战，结果他被一个未知的神奇宝贝打败。小智进入道馆后，发现馆主竟然是火箭队。
经过小智打败火箭队的三只神奇宝贝，获得了绿色徽章。这样小智也凑齐了参加联盟大赛的八枚徽章。
在回真新镇的途中，小智一只魔墙人偶在制造屏障，他正准备收服时一个女孩冲上来也要收服这只魔墙人偶，并请求小智把它让给她，正当二人交涉时魔墙人偶逃走了。后来小智得知这个叫阿津的女孩是马戏团的团长，为了帮助她，小智假扮魔墙人偶上台表演，却被火箭队三人组抓走。
后来花子回到家中宴请小霞和小刚，在他们离开后这只野生魔墙人偶来到花子家门口，她误以为这是没来得及换衣服的小智，把它带回家中给它吃东西，后来小智回来了，花子才发现自己弄错了。在该集最后，这只魔墙人偶留在了小智家中帮助花子做家务，花子也给它起名“小魔”。
超梦差不多就要逃走了，小金针对联盟的计划也逐渐展开。超梦的大概情况，小金表示还是有所了解的。
超梦在诞生前的童年，在梦境中遇到了一个名叫小爱的女孩，而这位女孩也是一个拷贝品。他的父亲是科学家，而小爱便是他最爱的女儿，可惜后来死去了，于是这位身为科学家的父亲想尽了一切的方法希望能让心爱的女儿复活，但实验最终失败，超梦也失去了童年唯一的朋友。而小爱在死前告诉超梦：一定要活下去啊。
超梦是由火箭队的研究员夏伯利用传说中的神奇宝贝梦幻的细胞创造出的神奇宝贝。超梦的体形与梦幻相去甚远：其形象类似于双足猫科动物，通体银灰，尾巴和腹部呈现紫色，由背部中心伸出的体外神经束一直延伸到后脖颈。超梦属于超能力系，通过精神干扰实现飞行，也可以通过读心术实现与人的对话。在战斗时，超梦可以利用其超能力的本能建立护罩，或将精神攻击掷向对手。超梦具有很强的自我再生能力，能够迅速地从濒死状态恢复过来。
在摧毁其出生的实验室后，火箭队首领坂木以帮助超梦控制自己的能力为由说服了超梦与自己合作。事实正相反，坂木将超梦当作了武器利用。
在摆脱坂木的控制后，超梦质疑自己的存在，并决定向自己的制作者复仇。超梦个体能力高，兼备神兽的力量与人类的智慧。能将各种强大的超能力运用自如到极致--直接靠心灵感应与人类交流，操纵他人的意识或者直接修改其记忆、利用强大的意念力轻而易举改变气候、制造台风、甚至是扭曲时空。
除了直接战斗力之外，超梦以高度智能掌握着人类引以为傲的科学。依靠对物理学与遗传学的理解，自主开发了PM复制装置、以及可将其它PM(包括特殊的神奇宝贝球)强制收押的超梦球。此外，还具有远超一般训练家的战术指导能力。只有当不使用任何能力，仅靠蛮力碰撞对决时，其母体--梦幻方可与其抗衡。
为了实现目的，超梦邀请了包括主角小智在内的数名神奇宝贝训练家来到自己的岛屿，并计划克隆他们的神奇宝贝。
在计划成功后，局势愈演愈烈:本体们与克隆体们进行对战来决出高下，超梦自己则同梦幻展开了对决。小智牺牲自己平息了争斗，随后被复活。看到小智为了阻止原生体与复制体的战争被石化，最终被交战双方流下眼泪的模样打动，超梦意识到了不管原生体还是复制体都是实实在在的生命。于是亲自斩断憎恨，将小智等人的记忆抹消后，带领着复制体同伴展开了寻找生息地的旅程。
小金也知道人类的极限就是控制二级神境界的神奇宝贝，对于一级神这种能够毁天灭地级的存在，人类是无法收服，就算收服，很可能反而被神奇宝贝控制，而不是人控制神奇宝贝。
所以自古以来，对于一级神的神奇宝贝人类都是以合作的形式，来解决世界中突然出现的灾难或者其他。
因此，坂木想要完全控制一级神的超梦是不可能的，现在的超梦已经有了逆反心理，打算向自己的制作者人类复仇。
小金曾经向坂木建议，到了超梦不可控的时候，就把对联盟的恶意灌输给他，让他对联盟产生恨意，特别是关东联盟的那几个掌权家族的首脑。
而现在时候到了，超梦已经对坂木的命令有了抵抗心理，这个计划可以开始实行了，这是小金对关东联盟的第二次重要作战计划。
第二次的大傻谷，弄死了联盟好几百人，加上被闪电队的报复，大傻谷事件联盟可是损失惨重，天王级的训练家都死了好几个。
小金将自己的建议通过电子交换机传给了坂木，特别注明现在已经到了关键时候，一定要实行。