立志成为神奇宝贝大师的小智一行人依然继续踏上旅程，离联盟大赛还有不到半个月，小智打算到海边特训。这天，当小智与训练家的战斗结束之后，他们收到一封由快龙送来的神秘招待券。招待券里面写着：“你们是最被看好、最有前途的宝可梦训练家，我以最强的神奇宝贝训练家的身份，邀请你们来参加我的宴会。”“最强的神奇宝贝训练家？”

    好奇的小智他们毫不考虑地朝向新岛的神奇宝贝城出发！当一行人到达港口时，却因为天候不佳，前往新岛的船只暂停行驶。港口管理员波佳为了不让神奇宝贝和他们的训练家遭到任何的意外，坚决不让众人出航，女警君莎也赞同波佳的看法。

    一位名叫海男的男孩，他打算搭乘神奇宝贝渡海，而另外两位训练家空男和小甜也附和海男的作法，搭乘神奇宝贝渡海。正当小智烦恼无法前往新岛之际，港口出现了一艘小船，船上维京人打扮的船家答应在小智他们渡海。

    正当众人在海中央之时，突然一个大浪打来，让操纵小船的船家露出了真面目。什么？竟然是火箭队那三个捣蛋鬼！！正当火箭队要说出那套可爱又迷人的台词之时，小船竟然被大浪打翻了！小智和小霞赶紧叫出杰尼龟和宝石海星让众人抓紧，才不至于被大浪卷走。

    在到达新岛之后，一名很像神奇宝贝中心护士乔伊的女子带领小智一行人前往神奇宝贝城内部。海男、空男和小甜果然已经到了。当领路的女子介绍最强的神奇宝贝训练家出场时，没想到出现在众人面前的竟然是……超梦！！！

    除了直接战斗力之外，超梦以高度智能掌握着人类引以为傲的科学。依靠对物理学与遗传学的理解，自主开发了PM复制装置、以及可将其它PM(包括特殊的神奇宝贝球)强制收押的超梦球。此外，还具有远超一般训练家的战术指导能力。为了实现目的，超梦邀请了包括主角小智在内的数名神奇宝贝训练家来到自己的岛屿，并计划克隆他们的神奇宝贝。

    本体和克隆体对战，本体竟然全都失败了。之后，梦幻出现了，超梦认为自己才是最强大的存在，双方发生激烈的大战。最后小智牺牲自己平息了争斗，随后被复活。看到小智为了阻止原生体与复制体的战争被石化，最终被交战双方流下眼泪的模样打动，超梦意识到了不管原生体还是复制体都是实实在在的生命。于是亲自斩断憎恨，将小智等人的记忆抹消后，带领着复制体同伴展开了寻找生息地的旅程。

    ……